孙承宗在后方安排好各地的布防后，遇到奉旨前来支援的曹文诏和满桂的部队，便会同曹文诏一起向宁远出发，而满桂则带领麾下部队前往锦州。两日后，到达宁远城下，通报了宁远守将袁崇焕后，随即和曹文诏部一起进城，进城后召集诸将议战守。根据旨意采取坚壁清野之策，组织全城军民共同守城。
随后，孙承宗在城内校场集合城内所有守城将士，他在众将士面前刺血为书，誓与宁远共存亡。城内的兵民为之感奋。
宁远城之前有2万守军，孙承宗带来1万，曹文诏带来5万，其中3500人为李定国的火器营。孙承宗安排宁远副将祖宽，副将左辅、副将朱梅，京营参将曹变蛟各带领1万人马分守城东、西、南、北四面，剩下的士兵做为预备队。自己与袁崇焕，曹文诏提督全城。又根据栗清的密旨，李定国摔火器营在城内待命。
在城上配置西洋大炮四十门，城墙上每面十门大炮。四个东、北两面和西、南、两面，分由彭簪古、罗立指挥。
接到锦衣卫的情报后，安排宁远城内的锦衣卫百户，抓捕混入城内的奸细。锦衣卫在城内守军的配合下，派人巡守街巷路口，又动员街民配合士兵逐户搜捕，最终，将一百多名的奸细全部抓捕，当场全部处死。
安排好军事防御后，孙承宗又令通判金启偏编派民夫，将民夫组织起来，帮忙搬运物资和供给守城将士饮食。
到了第二日，努尔哈赤的前锋出现在视线内了。
在至努尔哈赤誓师出征后，连续行军三日，终于在孙承宗到来的第二日率领大军进抵宁远，然后在离城五里横截山海大道，安营布阵，切断宁远与关内的联系，在城北扎设大营。之后，努尔哈赤安排人在附近村庄抓捕汉人。虽然栗清之前下旨意要各地边关城池附近的汉人都进入城池避难，但是还是有一部分人抱着侥幸的心理没有入城，这些人都没有逃过建奴的搜捕。建奴将附近村庄的汉人抓捕后，全都带到了宁远城下，遣被掳汉人入城劝降，被孙承宗严辞拒绝。
“孙总督可在，我家大汉请孙总督前来答话！”
努尔哈赤吩咐手下的一个传令兵前去城下邀请孙承宗，想最后再努力劝降一次。
孙承宗转身对着身后的袁崇焕说道“袁将军，这在你的部队里可有